第三门诊部是北京大学口腔医院第三个分支机构，是以口腔综合治疗为特色，同时还承担一定教学和科研任务的口腔专科诊疗机构。第三门诊部成立于2003年，位于北京市海淀区花园东路高德大厦A座2层及3层，现有57台口腔综合治疗椅。第三门诊部执行北京大学口腔医院统一的医疗质量管理制度和收费标准，属于北京市基本医疗保险定点专科医疗机构。
第三门诊部现有员工155人，员工多为北京大学口腔医学院毕业的优秀医护人员。三门诊现设有综合一科、综合二科、修复科、正畸科4个临床科室，形成了以口腔综合治疗为特色，同时涵盖专科治疗的医疗格局。除了开展牙周洁治、牙齿拔除、牙齿充填、牙齿修复、正畸矫正等常规口腔治疗外，还开设特色口腔医疗项目，如CEREC椅旁CAD/CAM修复、冷光美白、无托槽隐形矫治、显微根管治疗以及种植治疗等。
第三门诊部始终持以患者为中心，将服务、关爱患者的理念落到实处，设置电话预约、微信小程序预约以及总院电话预约等多种预约渠道，为70岁以上老年人提供挂号绿色通道，大大缓解了患者挂号难的问题。同时，三门诊还推出了一系列便民服务措施，如准备“就诊减压球”，设置便民服务箱，为儿童患者增设图书角，为行动不便患者开通送诊车辆即停即走服务等。
第三门诊部充分发挥公立医院的公益性，积极开展多种公益宣传和支援帮扶活动。在公益宣传方面，三门诊聚焦患者需求，集思广益，积极探索活动形式，在“世界口腔健康日”、“全国爱牙日”等重要节日，走进社区、学校、养老院、企业，为不同群体提供口腔科普宣教、咨询检查等服务近百次，惠及患者千余人，受到了广泛好评；在支援帮扶方面，门诊部指派多名医生参与“赴基层”、“西部行”等活动，足迹遍布青海、广西、云南、内蒙古等多地，用北大口腔人的专业知识和技能切实为患者解除牙病困扰，大力弘扬北大口腔“厚德尚学、精医济世”的院训精神。
第三门诊部先后5次被评为“北京大学口腔医学院先进科室”，获得北京大学口腔医院“优质护理服务先进科室”称号2次，北京大学口腔医院“院感管理先进科室”称号1次，还获得了北京市人力资源和社会保障局“医疗保险管理服务一等奖”1次、“二等奖”2次等荣誉。
第三门诊部以务实、热忱的工作态度，团结奋进、开拓创新，形成了无私奉献、精诚尚德的门诊文化。第三门诊部将依托精湛的医术、高新的设备、温馨的就诊环境以及优质的管理，竭诚为广大患者提供周到贴心的口腔医疗服务。
