北京大学口腔医学实验经学中心的建设依托单位是北京大学口腔医院。医院始建于1941年，是集北京大学口腔医学院、口腔医院和口腔医学研究所为一体的医疗机构，是首批一级学科硕士、博士点授权单位，仅有的两个口腔医学国家一级重点学科之一，也是目前全国唯一由教育部批准招收口腔医学八年制本博连读生的口腔医学院校。医院长期以来承担着向社会提供口腔医疗保健服务和口腔教学、医学研究的重任，是目前国际上口腔专科医疗服务规模最大的医疗机构。现有临床科室15个，医技科室8个，下属分支医疗机构5个，职工2239人。年门急诊量超过136万人次，年收治住院病人6000余人。还承担着党和国家领导人及其他重要人员的口腔医疗保健工作。自2009年起，连续六年被评为“中国最佳医院及最佳专科排行榜”口腔专科第一名。作为我国高层次口腔医学专业人才的培养基地，现有专业教研组（室）24个，博士生导师53人，硕士生导师61人，拥有杰出青年基金获得者等著名专家，聘请境外数十名知名学者任院级客座教授，在国内外有较高的学术地位。培养了大批口腔医学人才，当今活跃在国际口腔学界的知名学者王存玉、柴洋、施松涛、李仪红等均为我院校友。
    北京大学口腔医学实验教学中心主任由院长担任，办公室设在教育处，主要职责是整合全院的可用资源，促进以本科生为主的实验实习教学工作。口腔医学的特点决定了实验及实习教学在日常教学工作中的重要地位，学院对实验教学高度重视。北京（医科）大学口腔医学院教学实验室于1990年装备了国内首批德国Kavo仿头模，代表了当时国内口腔医学实验教学的最高水平；2008年在国内口腔院校率先成立综合临床科室用于生产实习的临床教学，为加强口腔医学生临床综合能力的培养奠定了坚实的基础。近年囊括了8项口腔相关国家重点专科建设项目，其中5项排名第一，显示出强大的临床实习教学实力。近5年来，医院争取到一批资源，用于实验教学中心建设实验教学基地及更新设备：2011年、2012年、2014年分别获得中央级普通高等学校修购专款项目，总金额2840万元，用于医院新教学基地设备购置及数字化口腔医学技能教学训练及实验平台、口腔前沿技术实验教学平台的建设，大大改善了实验教学的硬件水准，达到国内领先。2011年9月，学院申报的“口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室”获国家发改委批准启动建设，并于2015年验收合格，成为推动我国口腔数字化医疗技术和材料成果产业化的中间纽带与桥梁，同时也成为教学中心口腔数字化实验教学基地；2010年随着医院中心实验室的成立，相当多的实验资源被用于实验教学，大大提高了教学中心在口腔基础实验教学及本科生科研能力方面的水平；自1980年始我院材料研究室承担全国口腔材料质量检验评价工作，是国家食品药品监督管理局十大国家级医疗器械质量监督检验中心之一，在口腔材料实验研究及教学方面提供了强有力的支持。
    除注重实验教学的硬件建设外，中心还关注相关软件的建设：预防工作在口腔疾病控制方面占有重要地位，需了解基层情况，在专科医院很难实现，我院1980年成立的全国首个口腔预防科是世界卫生组织预防牙医学科研及培训中心单位，1998年即建立农村教学基地，2001年建立城市教学基地，创新性地将口腔预防医学的实习内容融入农村及城市社区卫生服务中，让学生切实体会并了解我国基层口腔卫生服务的实际情况，实习报告和成果还可对社区口腔卫生服务的发展提供一定的参考依据；积极引入医学人文教育，2011年起陆续安排9名青年骨干医师进行医学人文执业技能的师资培训，以此为基础于2013年组建口腔人文医学执业技能教学组，并在当年开始教学工作。通过理论授课、一日患者体验活动、情景剧角色扮演等的培训和量化考核，使广大学生在了解职业精神普遍原则和核心价值的基础上，学习和谐的医患沟通技能，掌握以患者为中心的沟通方法，提高职业素养，增强人文医学执业技能，规范职业道德。
    严格的实验教学及临床实习教学在口腔医学人才的培养上取得丰硕成果：我院毕业生参加国家医师资格考试的通过率连续多年接近或达到100%，远远高于70%左右的全国通过率；对毕业生接收单位的调查显示，我院毕业生的专业理论及操作技能、执业素养、外语能力、医患沟通能力、自我学习的能力等都受到用人单位的一致好评；近5年培养的规培住院医师在北京市组织的结业考试中也取得90%以上的通过率，高出北京市通过率10%-15%。